या खटल्याच्या सुनावणी दरम्यान डिसेंबर 2021 मध्ये एका साक्षीदारानं उत्तर प्रदेशचे मुख्यमंत्री योगी आदित्यनाथ आणि राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघाचे (आरएसएस) चार नेते इंद्रेश कुमार, काकाजी, देवधरजी आणि स्वामी असीमानंद यांना खोट्या आरोपात गुंतवण्यासाठी महाराष्ट्र एटीएसनं छळ केल्याचं विशेष एनआयए न्यायालयात सांगितलं होते. तेव्हापासून, याप्रकरणी नव्या वादाला तोंड फुटले आहे. याप्रकरणी, साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर यांच्यासह अन्य चारजणांना अटक करणाऱ्या या माजी एटीएस अधिकाऱ्याला न्यायालयात जबाब नोंदविण्यासाठी हजर राहण्याचे निर्देश दिले गेले होते. मात्र, अधिकारी जबाब नोंदवण्यासाठी गैरहजर राहिल्यामुळे न्यायालयानं त्या अधिकाऱ्यांविरोधात पाच हजार पानांचं जामीनपात्र वॉरंट जारी केलं होतं.
29 सप्टेंबर 2008 रोजी मालेगावमधील एका मशिदीच्या आवारात बॉम्बस्फोट झाला होता. यात सात जणांना आपले प्राण गमवावे लागले तर अनेकजण जखमी झाले होते. याप्रकरणी लेफ्टनंट कर्नल प्रसाद पुरोहित, साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर यांच्यासह रमेश उपाध्याय, समीर कुलकर्णी, सुधाकर चतुर्वेदी, सुधाकर द्विवेदी आणि अजय राहिरकर यांना अटक करण्यात आली होती. या आरोपींवर कलम 16 (दहशतवादी कृत्य करणे) आणि 18 (षडयंत्र) अंतर्गत गुन्हा दाखल करण्यात आले. तसेच युएपीए कलम 120 (ब) (गुन्हेगारी कट), 302 (हत्या), 307 (हत्येचा प्रयत्न), 324 (दुखापत करणे), आणि 153 (अ) (दोन धार्मिक गटात वैर वाढवणे) यांसह स्फोटक पदार्थ कायद्यातील संबंधित तरतुदींचाही समावेश करण्यात आला आहे. याआधी दहशतवाद विरोधी पथक या प्रकरणाचा तपास करत होतं. मात्र, नंतर हा तपास एनआयएकडे वर्ग करण्यात आला. या खटल्याची पुढील सुनावणी 27 सप्टेंबरपर्यंत तहकूब करण्यात आली आहे.
